雅马哈YZF-R3的电喷系统来自它的同门R25，引擎排气量321cc。在R25水冷双缸引擎基础上加大缸径、强化了曲轴、调整了热机部分的局部机构，排气量由R25的249cc加大到321cc，马力由36匹增至42匹，车重仅仅增加了3公斤，增值这部分动力可说是比较可观的，极速可达180公里/小时。