MT-03共享了YZF-R3的大部分设计平台。动力方面，雅马哈MT-03搭载与R3相同的321c.c.并列双缸发动机，最大马力42匹（10750转），峰值扭矩29.6牛米（9000转）。雅马哈YZF-R3车重169公斤（含油），MT-03重量比R3还轻8.8磅。此外，在大灯和车把上也有所改动，并且提供了一个更直立的座椅位置。配置方面，MT-03标配ABS和6速变速箱。