2013款Agera R进行了八项主要升级，包括一体式的碳纤维轮毂，Ohlins专门为科尼塞克研发的赛车式悬挂，全新的排气系统以及高速行驶时提供下压力的前部定风翼等等。并且新车在使用E85燃料时，最大功率输出从1115马力提高到了1140马力。