Zonda C12S是C12的后续车型，于2001年发布上市。S款同样搭载了AMG的V12引擎但排量加大到了7.3L，最大功率可达544马力，与之匹配的是一款六速手动变速器，最高车速可达到354公里/小时，而0-100公里/小时加速时间仅为3.7秒。