作为一款百公里加速只有2.9秒的超跑，科尼赛克Agera R采用一台中置后驱的5.0升V8双涡轮增压发动机，增压器的压强为1.4 bar。发动机采用顶置双凸轮轴以及一缸4气门的设计，干式油底壳，碳纤维的进气歧管，压缩比为9.0：1。缸径为91.7mm，冲程为95.25mm，并具有多点燃油喷射技术。